La primera piedra del Hospital Clínico San Cecilio se puso en 1931. En la Avenida de Madrid de Granada. En 1925 el Ministerio de Educación había aprobado la construcción de la Facultad de Medicina de Granada y un hospital junto a ella. Durante la guerra civil se utilizó primero como acuartelamiento y luego como hospital de heridos de guerra. En 1952 se inauguró oficialmente como Hospital Clínico de Granada. Perteneció a la Universidad de Granada hasta la década de los 80 del siglo pasado en la que fueron integrados los Hospitales Clínicos en el Sistema Nacional de Salud. En el año 1986 fue transferido a la Comunidad Autónoma Andaluza, pasando a pertenecer al actual SAS. Siempre ha estado ligado a la facultad de Medicina y ha gozado de gran prestigio en el campo docente e investigador a nivel nacional, adaptándose a los cambios tecnológicos necesarios para dar una adecuada asistencia a todos sus usuarios.
Tras la publicación por parte de la Consejería de Salud de la Orden de 21 de noviembre de 2014, por la que se actualiza la estructura de gestión y funcionamiento para la prestación de los servicios de atención especializada en el Área de Salud de Granada se unifican las Áreas Hospitalarias norte y Centro-Oeste de Granada en una nueva Área Hospitalaria denominada Área Hospitalaria Centro de Granada y por otra parte, los Hospitales de referencia de las Áreas afectadas, que son los Hospitales «San Cecilio» y «Virgen de las nieves», se unifican en una sola Institución Hospitalaria que se pasó a denominarse «Complejo Hospitalario Universitario de Granada».
El 27 de febrero de 2017 se publica en el BOJA la Orden de 23 de febrero de 2017, por la que se actualiza la estructura de gestión y funcionamiento para la prestación de los servicios de atención especializada en el Área de Salud de Granada, de tal manera que en el Área de Salud de Granada se crean el Área Hospitalaria Norte y el Área Hospitalaria Centro-Oeste; cada una de estas áreas estará con el Hospital de referencia y centros adscritos al mismo que figuran en el Anexo a la misma Orden. A partir de este momento, el Hospital Universitario San Cecilio vuelve a disponer de estructuras de dirección, gestión y funcionales propias, independientemente de la continuidad de áreas transversales según el modelo implantado en todas las provincias.
Actualmente es un centro hospitalario publico perteneciente a la red Asistencial del Servicio Andaluz de Salud (SAS), cuya área hospitalaria atiende a una población de 353.240 TIS (510.293 TAE), del total de 669.660 TIS (978.404 TAE) pertenecientes al Distrito Sanitario de Granada-Metropolitano, las cuales son atendidas por cerca de 3000 profesionales, entre personal sanitario y no sanitario, con una capacidad media de 480 camas, siendo Hospital de referencia para el Área de Salud Sur.
UGC de Nefrología
El Servicio de Nefrología del Hospital Clínico fue el primer Servicio de Nefrología de Granada y uno de los primeros de Andalucía. En nuestro servicio se hizo el primer trasplante de Granada y el uso de técnicas puntera en el campo de la hemodiálisis han sido una de sus señas de identidad. En el año 1995 fu el primer servicio en España en implantar la técnica on-line en hemodiálisis y poco a poco se ha ido imponiendo dicha técnica en España , viniendo a aprender a nuestro hospital figuras punteras de la Nefrología en España. El servicio de Nefrología del Hospital clínico se ha caracterizado por su relación estrecha con la facultad de Medicina. El 90% de los residentes que han pasado por el servicio de Nefrología han concluido su periodo de formación como residente con su tesis iniciada o terminada. El Servicio de Nefrología ha gozado de un prestigio importante en el campo de la Nefrología y durante años hemos colaborado estrechamente en el campo de la enfermedad mineral y ósea con servicios punteros del mundo, como son las unidades de Enfermedad mineral y ósea de España (Asturias, Lleida y Córdoba). La organización de cursos, seminarios y congresos ha estado siempre en la cartera del Servicio de Nefrología del Clínico.
Tras la publicación por parte de la Consejería de Salud de la Orden de 21 de noviembre de 2014, se produce la fusión hospitalaria en Granada . No obstante, los dos Servicios de Nefrología de Granada se fusionaron con anterioridad, en el año 2010. Desde entonces permanecimos unidos ambos servicios y en el año 2013 nos Constituimos como una Unidad de Gestión Clínica intercentros, contribuyendo a ello de una manera muy importante los avances tecnológicos en el campo de la hemodiálisis del Servicio de Nefrología del Hospital Clínico.
El 27 de febrero de 2017 se publica en el BOJA la Orden de 23 de febrero de 2017, la llamada Orden de desfusión. La Unidad de Gestión Clínica de Nefrología intercentros se dividen en dos Servicios de Nefrología de nuevo.
Desde el mes de agosto de 2017 el Servicio de Nefrología vuelve a funcionar como un Servicio independiente del Servicio de Nefrología del Hospital Virgen de las Nieves.